Bydlení v nízkoenergetickém objektu je plně komfortním bydlením a nepřináší žádná negativní specifika. Oproti stavbám pasivním či dokonce nulovým, u kterých je zapotřebí dodržovat určitý řád a respektovat filosofii takového objektu, není nízkoenergetická stavba v oblasti užívání příliš odlišná od staveb jiných. Na výslednou pohodu a komfort uživatel má však nesmírný vliv správný návrh a provedení stavby.
Nízkoenergetické stavby jsou dostatečně izolovány a zároveň je kladen důraz na těsnost celé konstrukce. Z tohoto důvodu jsou do nízkoenergetických staveb instalovány systémy řízené výměny vzduchu. Přirozené větrání okny se jeví v těchto stavbách jako nehospodárné a představuje značnou tepelnou ztrátu. Řízenou výměnou vzduchu je do místností pravidelně přiváděn čerstvý vzduch, bez tepelných ztrát. Vzduch je ve většině případů předehříván právě vzduchem odváděným. Řešení je to velmi hygienické a zdravotně prospěšné, zejména pro alergiky a osoby náchylné k dýchacím potížím.
Neznamená to však, že by v nízkoenergetické stavbě nebylo možno otevírat okna. V případě obdobných teplot interiéru a exteriéru to neznamená žádný problém. Naopak v zimních měsících, kdy se uvedené teploty výrazně liší, není otevírání oken nezbytné. Větrání a přívod čerstvého vzduchu je zajištěn zmíněným systémem.
V důsledku velké míry zaizolování objektu a užívání velmi kvalitních výplní otvorů (oken) může v letních měsících docházet k přehřívání interiéru. Zasklení je navrženo tak, aby umožňovalo tepelné zisky v otopné sezoně a aby tepelné ztráty průchodem byly co nejmenší. K tomu je nutné brát v potaz ještě zmíněnou těsnost konstrukce, která rovněž brání prostupu tepla směrem do exteriéru.
Tomuto jevu je možné se bránit v prvé řadě konstrukčně – použitím systémů stínění velkých prosklených ploch (markýzy, venkovní žaluzie, rolety, apod.). Dalším možným řešením je užití nějaké technologie na ochlazování vnitřního vzduchu. Například použití řízené výměny vzduchu s opačným chodem, tedy s ochlazováním přiváděného vzduchu (v zimních měsících je přiváděný vzduch předehříván). Systémů a technologií pro tento případ je celá řada.
Opět je vhodné poznamenat, že pokud se s tímto možným problémem počítá a je včas a vhodně řešen, neznamená ve svém důsledku žádné omezení či snížený komfort pro uživatele dané stavby.