Stavba nízkoenergetického domu samozřejmě vyžaduje o něco vyšší vstupní náklady. Je to dáno větší mírou zateplení domu (jsou používány větší tloušťky tepelné izolace), nutností instalace různých technologií (např. systém řízené výměny vzduchu), investicí do kvalitnějších výplní otvorů – oken, a v neposlední řadě mnohdy investicí do nějakého sofistikovaného systému vytápění (tepelná čerpadla, solární kolektory, apod.).
O kolik se navýší vstupní náklady? Záleží na konkrétní stavbě a na tom, jaká konkrétní řešení a technologie si investor vybere pro svoji stavbu. Obecně lze u rodinného domu počítat s navýšením nákladů zhruba okolo 15% z celkové ceny domu, který by byl projektován podle současných platných norem. Zda je to málo či hodně je na zvážení samotného investora. Je však třeba si zároveň s konečnou sumou uvědomit i návratnost celé investice.
Nízkoenergetický dům může, při správném návrhu, provedení a užívání, ušetřit až 60% ročních nákladů spojených s vytápěním domu. Při přepočtu na reálnou sumu je to částka poměrně zajímavá. Vezmeme-li v úvahu, že ceny energií se budou neustále zvyšovat, znamená to, že celková doba návratnosti prvotní investice se tím bude úměrně snižovat. Hrubým odhadem se tato doba pohybuje v řádu let (10 – 15). Z tohoto hlediska lze investici do nízkoenergetického domu vnímat jako výhodnou a návratnou, v relativně dobrém časovém horizontu.
V nabídce nízkoenergetických domů na klíč se ceny pohybují v řádech milionů. Velikostně se jedná o standardní rodinné domy. To se technologie výstavby týče, jsou v nabídce domy zděné i dřevostavby. Konkrétní nabídky a ceny se u jednotlivých firem samozřejmě liší.